本專業的主旨是培養具有商科特色的創新創業應用型藥學人才。具體的講就是德、智、體、美全面發展，具備化學、藥學、中醫藥學和制藥工程學的基礎理論知識、實驗技能和工程實踐能力，同時具備一定的商學素養，能夠在制藥及相關領域的科研院所、生產和營銷企業以及食品、藥檢、衛生防疫、環保等相關行業從事生產、管理、工程設計、新藥研發和技術服務等工作的高級工程技術人才。
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本專業的主旨是培養具有商科特色的創新創業應用型藥學人才。具體的講就是德、智、體、美全面發展，具備化學、藥學、中醫藥學和制藥工程學的基礎理論知識、實驗技能和工程實踐能力，同時具備一定的商學素養，能夠在制藥及相關領域的科研院所、生產和營銷企業以及食品、藥檢、衛生防疫、環保等相關行業從事生產、管理、工程設計、新藥研發和技術服務等工作的高級工程技術人才。
無機及分析化學、有機化學、物理化學、生物化學、化工原理、微生物學、藥物化學、中醫藥基礎、制藥工藝學、藥劑學、藥理學、藥物分析、天然藥物化學、藥用高分子材料學、有機化合物波譜分析、藥物合成反應、制藥分離工程、制藥裝備與車間工藝設計等。同時設置一定數量的商學相關課程。
畢業生可在科研院所、設計院、高等院校和制藥及相關企業從事生產管理、產品開發、工程設計、教學研究、科學管理及技術服務等工作。
醫藥產業已成為世界經濟強國競爭的焦點，世界上許多國家都把建立醫藥品工業視為國家強盛的一個象征。新藥的不斷發現和治療方法(如基因研究)的巨大進步，促使醫藥工業發生了非常大的變化。
因此，無論是藥品，還是過程技術都需要新型制藥工程師，這類人才掌握最新技術和交叉學科知識、具備制藥過程和產品雙向定位的知識及能力，同時了解密集的工業信息并熟悉全球和本國政策法規。
正如前面已經提到的，2003年中國制藥企業共5082家，生產藥品的工業企業約3000家，生化制藥企業300余家，其中現代生物制藥企業47家;生產中藥(包括天然藥物)產品的企業約1600家，其中專門生產中藥(包括天然藥物)產品的155家。另外，還有藥品批發企業16.7萬多家，藥品零售企業12萬家，醫療機構6萬家。這些企業都對制藥工程專業人才有較大的需求量。
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